Export reproduzierbarer Simulationsexperimente in der Systembiologie.

Ein Projekt im Rahmen des Projektstudiums Wirtschaftsinformatik 2015 an der Universität Rostock.

Um biologische Systeme besser zu verstehen werden sie in virtuellen Experimenten simuliert. Diese Simulationsstudien bestehen in der Regel aus einer großen Zahl heterogener Dateien. Üblicherweise beschreibt ein Modell die Komponenten und ihre Zusammenhänge in dem System. Eine Simulationsbeschreibung parametrisiert das virtuelle Setup. Bilder und Dokumentationen (wie z.B. Publikationen) helfen beim Verstehen des Modells. Um die Studien nachvollziehen und ihre Ergbnisse reproduzieren zu können genügt jedoch nicht allein der Zugang zu all diesen Dateien. Es ist auch Wissen über diese Dateien erforderlich, bspw. um sie in korrekter Weise zu benutzen oder um bei Problemen den richtigen Ansprechpartner zu finden.

In unserer Nachwuchsgruppe SEMS suchen wir unter anderem nach Lösungen für diese Probleme. Masymos, eine graphbasierte Neo4J-Datenbank, wurde entwickelt, um die für Simulationsstudien notwendigen Daten und deren Abhängigkeiten zu speichern. Das CombineArchive Format ist in der Lage diese Dateien zu annotieren und zu bündeln.

In diesem Projekt suchen wir nach engagierten Studenten, die sich zutrauen ein Webinterface zu entwickeln, das die Suche nach Simulationsstudien über eine Datenbankanbindung ermöglicht. Die Suchergebnisse sollen dann über eine von uns publizierte Methode nach Relevanz sortiert werden. Über eine Export-Funktion sollen die Nutzer die gefundenen Studien als CombineArchives herunterladen können.

Ihr werdet mit uns also Einblick in ein Vielzahl neuer Technologien bekommen. Zur Bearbeitung dieser Aufgaben wird es unter Anderem notwendig sein, daß ihr euch Know-How über die graphbasierte Datenbank Neo4J aneignet. Außerdem werdet ihr euch in die bestehende Java-Bibliothek zur Generierung von Archiven, libCombineArchive einarbeiten. An dem Webinterface könnt ihr euch gestalterisch austoben und gern auch moderne Webtechniken ausprobieren.