Validierung von Modellannotationen

Modellierung und Simulation sind Standardwerkzeuge in der systembiologischen Forschung. Die erzeugten Modelle werden semantisch angereichert mit Einträgen aus sogenannten Bio-Ontologien und dann in Modelldatenbanken abgelegt. Die Modellannotationen werden zum Zeitpunkt der Erstellung der Modelle bestmöglich für die Modellteile ausgewählt. Allerdings befinden sich die Bio-Ontologien in ständiger Entwicklung Da die Annotationen in den Modellen wiederum nicht aktualisiert werden, veralten sie und werden teilweise sogar ungültig.

Langfristig ist es also notwendig Techniken zu entwickeln, um Modellannotationen regelmäßig zu prüfen und möglichst automatisiert durch gute Alternativen zu ersetzen.

Die Aufgabe dieses Projekts besteht zunächst darin, ein Werkzeug zu entwickeln und zu  implementieren, welches bestehende Annotationen in Modellen validiert, veraltete (deprecated) Terme erkennt und diese gegebenenfalls ersetzt.

Zur Unterstützung dieser Aufgabe existieren eine Reihe von Werkzeugen, u.a. zum Parsen der Modelldateien, oder zum Extrahieren der Modellannotationen, sowie Webservices zum Zugriff auf die unterschiedlichen Ontologien usw. Diese Werkzeuge müssen nun sinnvoll gekoppelt und ein Workflow entwickelt werden. Insbesondere für das Erkennen von veralteteten Annotationen muss ein eigenes Konzept entwickelt und umgesetzt werden.

Bei erfolgreichem Abschluss des Projektes sollen die Ergebnisse in eine bestehende Software zur Modellverwaltung integriert werden, welche im Projekt SEMS am Lehrstuhl Systembiologie entwickelt wird (sems.uni-rostock.de).

Teilnehmerzahl:  4
Zu vergebende Plätze: max. 5
Projektlaufzeit: Vorlesungszeit im SS 2014 (02.04.2014 – 11.07.2014)

Ansprechpartner: Ron Henkel (ron.henkel@uni-rostock.de), Dagmar Waltemath (dagmar.waltemath@uni-rostock.de)

Hier gehts zur Einführungspräsentation.

Weitere Infos zum Projekt findet ihr im StudIP der Universität.